九二一大地震後，台灣許多特有魚種棲地都遭受破壞瀕臨滅絕，農委會資料顯示，台灣河川魚類原本有一百六十多種，其中特有種達三十餘種，但超過廿種已瀕臨絕種或是已經絕種。

台灣淡水魚博物館館長何恭炤舉例，之前台灣中部偶爾可見的台灣白魚，現在已很難尋獲。造成魚種滅絕的原因有人為因素，也有大環境使然。日治時代，日本人為了杜絕瘧疾而引進了大肚魚，造成了本土青鱂魚消逝。此外，耕地大幅縮減，農藥的使用，也使得許多生存在田澗水塘的魚類減絕。

還好已經有人投入復育工作，也初見成效，過去蓋斑鬥魚曾因外來種的入侵而瀕臨絕種，近年來已有計畫地進行復育。

何恭炤說，儘管復育工作持續進行，但合適的放流地點愈來愈少，棲地的復原需要政府和國人更多的努力，否則將來要看台灣魚，只有在博物館見了。

台灣珍稀及瀕臨滅絕淡水魚類分類說明：
●第一級瀕危魚種：已知天然族群可能僅一處，或近十年已未曾採集到樣本，可能已滅絕。
　　包含二種：1.長吻棘鰍，本館復育中；2.大鱗細鯿，本館復育中。
●第二級瀕危魚種：已知天然族群不超過三處而且個體數量稀少。包含六種：
　　1.台灣副細鯽，台灣特有種，本館復育成功目前數量穩定；2.飯島氏銀鮈，台灣特有種，
　　本館復育成功目前數量穩定；3.台灣細鯿；4.青將魚，本館復育成功目前數量穩定；5.中
　　間鰍鮀，本館復育中；6.疏斑小鲃，本館復育成功目前數量穩定。
●第三級瀕危魚種：已知天然族群少於三處、但分佈區域還擁有相當數量，或已知天然族群
　　雖超過三處，但個體數量稀少。包含六種：
　　1.條紋二鬚魚巴，本館復育成功目前數量穩定；2.菊池氏細鯽，台灣特有種，本館復育成
　　功目前數量穩定；3. 七星鱧，本館復育成功目前數量穩定；4.陳氏鰍鮀，台灣特有種本館
　　復育成功目前數量穩定；5.大眼華鯿，本館復育成功目前數量穩定；6.圓吻鯝，本館復育
　　成功目前數量穩定